清水祖師又稱祖師公、蓬萊祖師、烏面祖師、落鼻祖師、清水真人、麻章上人、招應大師。
祖師為宋仁宗時生於福建永春縣小故鄉，俗姓陳，名應、或名昭，字普足，幼出家于大雲院，長拜大靜山明松禪師，學成辭返族遷麻章、施醫濟藥、建橋修路、清溪大旱，求雨奇靈，鄉人德之，時祖師往蓬萊山石室，鄉人醵金構築精舍，名為清水岩，祖師居十九年，一日囑後事，說端坐而逝，享年六十五歲。死後三日面目神色不變
按永春縣誌、安溪縣誌，類似記載。相傳祖師居清水岩時，有鬼穴其中，約以法勝、鬼置祖師於穴中、火七日夜不死，鬼服其神功，聽祖師指揮，赤既所謂張、黃、蘇、李四大將軍，今之祖師像所以黑面如鐵，既為鬼火所之故，烏面祖師由此得名。
一說為祖師之嫂生產、炊煮不便，祖師為燒煮柴盡，以雙足代柴，炊畢，從煙筒昇天，今之烏面，煙筒灰也。又傳說每逢天災地變，祖師鼻子自行掉落以示防備，人稱落鼻祖師。惟謂所落之處，必在袖袍之中。
本廟供奉的清水祖師神尊，造法與一般神像不同，先由木塊雕成形，在附上黏土彩繪。民國五十四年曾為祖師公重新彩繪的「翻面」議式，因不知表面為黏土所塑造，置水中清洗時黏土溶去，才獲知特殊的神尊造法，當時只剩木雕，赫然發現神尊背面刻有「乾隆五年」（距今為兩百六十年），後來依古法附上黏土，再度塑造成今北院廟正殿清水祖師金尊。
據安溪誌記載：「蓬萊普足禪師歷代封清水昭應廣濟善利大師」。清水祖師原隸屬佛教系統，其供奉方式誦經念佛為主，造型一律是頭戴五佛冠、身纏架裟。